ولد الدكتور خلدون حسن خالد خلف النقيب في البصرة، ووالدته هي السيدة نجيبة عبدالرحمن النقيب. وكان حسن النقيب، الذي عرف بشغفه بالشعر والأدب، محاميا، بينما كانت نجيبة زوجة وربة بيت تقليدية، وكغيرها من السيدات في فترة الثلاثينيات والأربعينيات، كانت تقضي وقتها بالاهتمام بشؤون المنزل والعناية بأطفالها الستة، ولدين وأربع بنات.

شهدت ثلاثينيات القرن الماضي نزوح جزء من عائلة النقيب إلى البصرة، لرعاية أملاكهم من الأراضي والعقارات. وبذلك انتقل حسن ونجيبة إلى البصرة وعاشا في قصر السيبيليات (الصورة). كما شكل تعليم الأبناء دافعا آخر إلى استقرار حسن ونجيبة في البصرة، حيث كان التعليم النظامي في إمارة الكويت لا يزال في بواكيره.

عاشت عائلة النقيب في العراق في ظل الحكم العثماني، وحينها لعبوا دورا مؤثرا على الأصعدة السياسية والاجتماعية والاقتصادية، ونذكر منها على الأخص سيد طالب النقيب (جد خلدون الظاهر في الصورة) الذي لعب دورا بارزا في هذه الفترة، وأراد الناس أن يحكم المنطقة بعد سقوط الإمبراطورية العثمانية في مطلع القرن العشرين، ولكن البريطانيون كان لديهم مخططات أخرى. فقد رأوا في سيد طالب تهديدا لرغبتهم في إحكام سيطرتهم على المنطقة بعد سقوط العثمانيين. فما كان منهم إلا أن قاموا بنفيه وأسرته إلى الهند عام 1921 بينما ظل باقي عائلة النقيب في العراق حيث أراضيهم وأملاكهم وحياتهم كانت. ولكن القلاقل السياسية في العراق تصاعدت مع رفض الناس للملك الخاضع لبريطانيا وثاروا ضد الهيمنة الإمبريالية. ومع تزايد عدم الاستقرار رأت عائلة النقيب أنه من الأفضل العودة الى موطنهم الأصلي، الكويت.

ولد خلدون النقيب في مدينة البصرة بتاريخ 16 سبتمبر 1941. وأمضى مرحلتي الروضة والإبتدائية في مدرسة الحداد الأهلية في البصرة، لينتقل بعد ذلك إلى بغداد لمواصلة تعليمه المتوسط والثانوي في مدرسة اليسوعية الكاثوليكية. وكان معروفا عنه الفطنة وخفة الظل، إلا أنه أيضا كان مشاغبا.

كان ترتيب خلدون الثاني بين ستة من الأخوة والأخوات. وهم بالترتيب: نوار، وهي الكبرى، خلدون، ندى، مها، خلود، والأصغر أخيه الوحيد أسامه.

ومنذ طفولته كان خلدون يناقش السلطة ويبدي آرائه وأفكاره، وظهرت بوادر نشاطه مبكرا من خلاله نضاله نحو حرية وحقوق الفقراء والمعوزين. وتميز بين أقرانه بشخصيته الإجتماعية المتميزة ومهاراته القيادية. وفي حياته العديد من الحوادث التي تؤكد ذلك منها: عندما كان في المرحلة الثانوية كان هناك مظاهرة ضد الإمبريالية البريطانية، فقام ناظر المدرسة بمنع أي طالب من مغادرة المدرسة لخشيته من مشاركتهم في المظاهرة. فما كان من خلدون إلا أن خطط مع مجموعة من زملائه وأقفلوا باب المكتب على الناظر وانطلقوا هاربين نحو البوابة. ونجحت خطتهم وشاركوا في المظاهرة، إلا أن خلدون فصل من المدرسة، فما كان من عائلته إلا أن بدأت بالتفكير في إعادته إلى الكويت، خوفا من نشاطه وما قد يجلبه لهم من المتاعب، إلى جانب تسارع وتيرة عدم الاستقرار السياسي في العراق.

ومن المعروف أن عائلة النقيب تنحدر من سلالة الرسول محمد (صلى الله عليه وسلم)، وهي فرع من عائلة الرفاعي وشهرتهم "السادة الأشراف"، وعرف عن العائلة حبها للعلم والمعرفة إلى جانب ماعرفت به من ثراء ونفوذ. ولذلك فقد لقيت العائلة ترحيبا كبيرا عند حلولها الى البصرة في مشاعر يلفها الإحترام والمحبة. وترسخت مكانة العائلة وما تحظى به من احترام ومحبة عندما أطلق السلطان عبدالحميد العثماني لقب "النقيب" على فرع عائلة الرفاعي المقيم في البصرة.