باشر خلدون دراسته الجامعية في جامعة بغداد وتخصص في علم الإجتماع.

تزوج خلدون خلال عامه الأول في الجامعة من زميلته رجاء كمال الدين، ورزقا في عام 1962 بمولود، زيد، أول أبنائه الأربعة. وبعد العام الثاني من زواجهم، تم الطلاق بين خلدون ورجاء، وفي عام 1963 انتقل خلدون إلى مصر، حيث واصل دراسته في جامعة القاهرة.

حصل خلدون على شهادة الدكتوراه من جامعة تكساس أوستن في الولايات المتحدة الأمريكية بتخصص علم الإجتماع 1976. وكان عنوان رسالته الدكتوراه "الأنماط المتغيرة للتدرج الاجتماعي في الشرق الأدنى: دراسة حالة لمجتمع الكويت".

إلتحق خلدون بجامعة لويفيل كنتاكي في الولايات المتحدة الأمريكية ونال درجة الماجستير في تخصص علم النفس الإجتماعي عام 1969.

إلتحق خلدون بجامعة لويفيل كنتاكي في الولايات المتحدة الأمريكية ونال درجة الماجستير في تخصص علم النفس الإجتماعي عام 1969.

بينما كان خلدون يدرس الماجستير، أوقف قيده الجامعي لفترة عام 1967 وتوجه إلى فلسطين للمشاركة في الحرب. ومنذ سنوات دراسته الثانوية كان خلدون مدافعا عن القضية الفلسطينية وواصل دعمه لها خلال عمله الأكاديمي.

حصل خلدون على الشهادة الجامعية من جامعة القاهرة بتخصص علم الإجتماع. وعاد بعد ذلك إلى الكويت وعمل لمدة عام، قبل أن يحصل على بعثة دراسية لاستكمال دراساته العليا في لندن، المملكة المتحدة. ولأسباب غير معروفة قرر خلدون الإنتقال إلى باريس (الصورة)، إلا أن إقامته فيها لم تطل قبل أن يشد الرحال إلى الولايات المتحدة الأمريكية ليبدأ تجربة جديدة.